Францисканська Молодь має ієрархічну структуру, подібну до Францисканського Ордену Світських (ФОС).
Основна будівнича одиниця цієї структури – Братерство.
Братерства формуються на трьох різних рівнях: місцевому, регіональному та національному, вони пов’язані між собою та узгоджені один з одним відповідно до Статуту і передбачені в міжнародному контексті.
Найменша структурна одиниця це місцеве (локальне) братерство.
Місцеве братство це, як правило п’ять молодих осіб, котрі склали Присягу і поновлюють її щороку. При тому за свідоцтво свого існування вони мають спеціальний документ, виданий регіональною/національною Радою ФМ, копія котрого знаходиться в архівах місцевої Ради ФОС. Якщо структур ФМ в країні ще не має, нову спільноту Францисканської Молоді затверджує Рада ФОС. (“Керівництво для створення нових спільнот ФМ”)
Важливу організаційну роль в житті ФМ відіграють Асамблея і Рада.
Асамблея – має законодавчу і дорадчу владу; на локальному рівні складається з усіх членів, котрі склали Присягу в місцевому братерстві; на регіональному та національному рівні формується Радами цих рівнів.
Рада – орган, який здійснює виконавчу владу, маючи на меті оживлення братерства та представляє його на вищому рівні. Оновлюється кожні два-три роки згідно Статуту під час виборчого Капітулу. Членами Ради можуть бути лише ті молоді особи, котрі склали Присягу ФМ. До складу Ради входять:
- Старший (в Європі – президент),
- Заступник старшого (віце-президент)
- Форматор (особа, котра відповідає за формацію всередині спільноти)
- Змінне число радників (також визначає Статут)
Кожному братерству товаришують дві особи:
- Духовний асистент – монах або священик з І-го ордену, який дбає про духовне зростання молодих людей і допомагає зберігати вірність харизмі.
- Братерський аніматор – представник від спільноти ФОС, до котрої належить молодіжне братерство, котрий стає постійно присутнім в житті спільноти ФМ і забезпечує комунікацію з ФОС, та насамперед, стає для них джерелом досвіду власного життя.
Конституція ФОС передбачає братерську анімацію ФМ і присутність представника ФОС (делегат) в Радах ФМ на всіх рівнях. Звичайно, хоч і не обов’язково, що делегат ФОС в Раді ФМ може бути також Братерським аніматором. («Підручник асистенції ФОС та ФМ», розділ V, 3.4.3)
Духовний асистент і делегат від ФОС автоматично стають членами Ради братерства ФМ на відповідному рівні (місцевий/ регіональний/ національний) з правом голосу.
У свою чергу Рада ФМ призначує молоду особу, котра склала Присягу ФМ, до складу Ради ФОС відповідного рівня. Ця особа має право голосу в Раді ФОС в тому разі, якщо вона склала Обітницю у ФОС. Таким чином молода особа може одночасно належати до двох спільнот – ФМ та ФОС. Принаймні два члени Національної Ради ФМ, мають бути світськими францисканцями, які вже склали Обітниці у ФОС. («Генеральна Конституція ФОС», ст. 97)
Спільноти ФОС своїми активними ініціативами сприяють зростанню покликань до ФМ; вони повинні піклуватись про життєздатність та поширення спільнот ФМ та провадити їх на шляху гуманного та духовного зростання, пропонуючи відповідні види діяльності та змістовні матеріали.